Kleinfahner wurde als Ort schon vor 1122 Jahren erstmals genannt. Mehrere Bodenfunde belegen jedoch, daß hier schon in der Steinzeit Siedlungen bestanden. Das Wappen von Kleinfahner mit einem pyramidenförmigen Baum als Wappenfigur ist Symbol des nahen Waldes und der frühzeitigen Kultivierung von Obst- und Eßkastanienbäumen.

Das Jahr 1791 wird als Geburtsjahr des Fahnerschen Kirschanbaues bezeichnet. Der damalige Pfarrer von Kleinfahner, Johann Volkmar Sickler, war Gründer des Fahnerschen Obstanbaus. Er war auch Herausgeber eines 22-bändigen Werkes mit dem Titel „Der deutsche Obstgärtner". Sein Wirken wurde gefördert und unterstützt von dem Grundherrn Friedrich Wilhelm von Seebach, der Oberhaupt der Herrschaft Fahnern war.

Baudenkmale des Ortes sind nicht nur die Kirche und das Pfarrhaus, mit der Gedenktafel, die an das Wirken Johann Volkmar Sicklers erinnert, sondern auch die alte Windmühle. In einem Wanderbuch wird das ehemalige Gut der Familie von Seebach in Kleinfahner als architektonisch schönster Herrenhof des Herzogtums Sachsen-Coburg-Gotha genannt. 1974 war die 1100-Jahrfeier des Ortes.

In den vergangenen Jahren hat sich der Ortsteil Kleinfahner durch den Neubau von mehreren schmucken Eigenheimen vergrößert. Seit dem Jahr 1998 wurden zahlreiche Straßen- und Gehwegebaumaßnahmen, aber auch viele bauliche Veränderungen an den Wohnhäusern vorgenommen, wobei das Ortsbild so aufgewertet und Kleinfahner als „Perle" der „Fahner Höhe" neu belebt werden konnte.  Derzeit entsteht in Kleinfahenr ein Dorfgemeinschaftshaus als Ortsteilzentrum, in dem auch ein Thüringer Obstbaumuseum, das an die Geschichte des Fahnerschen Obstanbaus erinnert, sein zuhause finden wird.

Ein lebendiger Kulturverein Kleinfahner 1999 e. V. sowie der Feuerwehrverein Kleinfahner e. V. mit seiner thüringenweit bekannten Traditionsfeuerwehr bereichern die dörfliche Gemeinsamkeit in Kleinfahner.